Po obsadení východného Slovenska si z Košíc urobil hlavné sídlo

V apríli sme na tejto strane odštartovali predstavovanie známych osobností, ktoré sa nejakým spôsobom zaslúžili o rozvoj nášho mesta, prípadne šírenie jeho mena v zahraničí. Prvého sme náhodne vybrali Imricha Henszlmanan, po ňom nasledoval Oldřich Hemerka

, maliar Anton Jasusch či naposledy Ladislav Troják. Dnes to bude Stefan Bocskai (Štefan Bočkaj).

Štefan Bočkaj bol príslušníkom bohatej sedmohradskej magnátskej rodiny, vodca jedného z protihabsburských stavovských povstaní, sedmohradské knieža a uhorský protikráľ. Narodil sa roku 1557 v rumunskom meste Kluž vo väzení, kam uvrhol jeho otca Juraja (György) a matku (Krisztina Sulyok) sedmohradský vojvoda Ján Žigmund Zápoľský za to, že presadzovali záujmy Habsburgovcov v Sedmohradsku. Štefana vychovali na cisárskom dvore vo Viedni a neskôr v Prahe. Žigmund Bátori (jeho bratanec) vymenoval Š. Bočkaja za varadínskeho hlavného kapitána (1592 až 1598), čím sa stal jedným z najvýznamnejších sedmohradských politikov. V roku 1598 sa Žigmund Bátori zriekol trónu a krajinu napriek protestu veľkej časti sedmohradskej šľachty prepustil Habsburgovcom, vrátane bočkajovských majetkov. Pri taktizovaní Bátoriovcov medzi Habsburgovcami a Turkami, na ktorom sa Š. Bočkaj osobne podieľal, dostal sa napokon do politickej izolácie. V roku 1603 odišiel do Prahy, aby sa osobne ospravedlnil cisárovi Rudolfovi, ten ho však uvrhol do „ctihodného väzenia". Po návrate sa utiahol na svoje bihorské majetky.

Roku 1604 Š. Bočkaj začal na území Slovenska (jadra Kráľovského Uhorska) rozsiahle povstanie proti Habsburgovcom, ktoré v konečnom dôsledku umožnilo Turkom znovu dobyť niektoré z území (Pešť, Ostrihom), ktoré tesne predtým stratili. Jedným z dôvodov povstania bolo zvýšenie daní a konfiškácia majetku protestantov Habsburgovcami v Kráľovskom Uhorsku. Konfiškácie sa týkali najmä Štefana Ilešháziho na Slovensku, ktorý v roku 1603 utiekol do Poľska a neskôr Š. Bočkajovi pomáhal. Druhým, bezprostrednejším dôvodom boli akcie proti protestantom v slovenských slobodných kráľovských mestách - napríklad v Košiciach im zobrali katedrálu a dali ju katolíkom a cisár Rudolf II. na sneme v Bratislave obnovil staré zákony proti protestantom. Tretí dôvod bol v Sedmohradsku: Tento štát tradične inklinujúci skôr k Turkom než k Habsburgovcom sa v rokoch 1597 až 1598 a 1602 až 1604 stal súčasťou Kráľovského Uhorska (teda habsburského územia) a miestni šľachtici sa proti tomu búrili. Generáli cisárskych vojsk Giorgio Basta a gróf Ján Jakub Barbiano Belgiojoso d'Este preto pustošili Sedmohradsko v rokoch 1602 až 1604. Jedna skupina vzbúrencov pod vedením M. Sékelyho utiekla pred habsburskými vojskami na turecké územia (dnešné Maďarsko) a v roku 1604 presvedčila magnáta Š. Bočkaja, bývalého spojenca Habsburgovcov, aby im pomohol proti Habsburgovcom.

V septembri 1604 sa veliteľ habsburských vojsk v Sedmohradsku tajne dozvedel, že Š. Bočkaj sa má stať vodcom vzbury a prikázal košickému kapitánovi Belgiojosovi, aby skonfiškoval Bočkajove majetky na východnom Slovensku. Nato Š. Bočkaj v októbri 1604 začal ťaženie na východné Slovensko proti Habsburgovcom, porazil Belgiojosa, ktorý utiekol na severné Slovensko a tam pustošil.

S. Bočkaj obsadil Košice, potom obsadil celé východné Slovensko a z Košíc urobil svoje hlavné sídlo. Časť Bočkajových vojsk porazil v Ožďanoch v novembri Giorgio Basta, ktorý však nedobyl Košice a na zimu sa musel stiahnuť. Š. Bočkaj uzavrel 20. novembra 1604 spojenectvo s Turkami, ktorí ho uznali za sedmohradské knieža a uhorského kráľa. V decembri 1604 Š. Bočkaj s podporou Turkov a slovenských šľachticov dobyl mestá na juhu stredného Slovenska (Fiľakovo, Krupina, Ďarmoty).

Po zime, v apríli až októbri 1605, Š. Bočkaj dobyl skoro celé Slovensko, okrem hlavného mesta Kráľovského Uhorska Bratislavy a v máji až júni podnikal výpady do Rakúska a na Moravu. Na západe ho zastavili moravské stavy a habsburské vojská. Už v novembri 1605 však šľachtici, ktorí sa zúčastnili na povstaní, začali s Habsburgovcami viesť rokovania o mieri po tom, ako bočkajovské vojská začali rabovať krajinu, a oni sa obávali, že by si Turci - Bočkajovi spojenci - mohli chcieť ponechať dobyté mestá a pevnosti. Š. Bočkaj súhlasil s rokovaním z obavy, aby mier neuzavreli bez neho.

Vo februári 1606 uzavreli prímerie a 23. júna 1606 bol nakoniec podpísaný Viedenský mier, podľa ktorého Š. Bočkaj získal sedmohradský trón a tri kráľovskouhorské stolice na hraniciach so Sedmohradskom (ktoré sa mali vrátiť po jeho smrti), a uhorskí šľachtici získali späť svoje predchádzajúce politické a náboženské privilégiá. Mier však mal nadobudnúť účinnosť, až keď sa uzavrie mier medzi Habsburgovcami a Turkami, a cisár Rudolf II. s Viedenským mierom nesúhlasil.

V novembri 1606 bol nakoniec pri Hurbanove uzavretý 20-ročný mier medzi arcikniežaťom Matejom Habsburským, Turkami a Š. Bočkajom, ktorý tak ukončil 15-ročnú vojnu, ako aj Bočkajovo povstanie. Boli zrušené nariadenia, ktoré vydal Rudolf II. proti nekatolíkom, Š. Bočkaj bol uznaný za sedmohradské knieža, najjužnejšie Slovensko sa znova stalo súčasťou habsburského územia a Habsburgovci zaplatili Turkom jednorazovú sumu 200 000 toliarov. Samotný cisár Rudolf II. s mierom opäť nesúhlasil, čo nakoniec roku 1608 využil arciknieža Matej, aby ho zosadil z rakúskeho a uhorského (nie však českého) trónu a stal sa novým kráľom a neskôr cisárom.

Š. Bočkaj zomrel 29. decembra 1606 v Košiciach. Hajdúsi boli presvedčení, že ho otrávil jeho kancelár Michal Káthay, preto ho potom zabili. Nástupcom Š. Bočkaja na sedmohradskom tróne sa stal 1. februára 1607 Žigmund Rákoci.